С 1928 г. до закрытия собора настоятелем прихода был о. Августин Пронцкетис. О. Пронцкетис служил викарным священником в храме с 1916 г. Дважды арестовывался. В 1922 году за сопротивление закрытию храма и в 1923 году по делу католических священников. Был приговорен к 3 годам тюремного заключения. В 1925 году вернулся из заключения в Ленинград и служил опять викарием в соборе. С 1928 г. после ареста о. Шавдиниса он становится настоятелем прихода, последним священником, работавшим в соборе до его закрытия. После закрытия храма в 1930 году он был вновь арестован и до 1933 года находился в лагере на Соловках и Бутырской тюрьме в Москве. В дальнейшем ему удалось выехать в Литву, где он и скончался в 1970 году.
В конце 1920-х гг снова начинается активное наступление районных властей с целью закрытия собора. Проводятся ревизии наличия двадцатки, пожарной безопасности, уплаты налогов и т.д. У настоятеля возникают сложности с формированием приходского совета. Часть прихожан навсегда покинула Россию. Часть была репрессирована. Некоторые кандидатуры заведомо не устраивали власть. Неполнота совета и отсутствие нового договора становятся поводом для претензий городских властей к приходу. Несмотря на заявление приходского совета о готовности подписать договор, городскими властями используются все меры для закрытия храма. В ход шли подписи жильцов дома, примыкающего к храму, которым якобы мешают богослужения. Фабрикуется письмо рабочих-поляков с требованием передать здание собора для размещения в нем районного клуба национальных меньшинств: поляков, латышей, литовцев, латгальцев. В октябре 1929 г Президиум Московско-Нарвского райсовета принимает решение о закрытии собора. Кроме «письма польских рабочих» Президиум ссылается также на непосредственную близость храма к жилому дому, отсутствие требуемого властями договора о принятии храма в ведение «двадцатки», ее неполнота. Окончательное решение о закрытии храма было принято 12 октября 1929 года Президиумом Ленсовета. Несмотря на сопротивление верующих при опечатывании храма, жалобы «двадцатки» во ВЦИК, храм в начале 1930 года был закрыт.Большая часть имущества храма была передана в Русский музей, часть в другие организации, в т ч. и утильзаводу ОГПУ на переплавку. На 14 подводах весом около 18 тонн были вывезены в Государственный книжный фонд книги из библиотеки собора и семинарии. Часть библиотечного фонда находится в настоящее время в фондах библиотеки Академии наук.